第1集@@@@ Nikita等人将前往中国香港追捕一个难缠的对手，但他们出师不利，Michael被当地警方逮捕。Nikita不得不构想一个大胆的营救计划。Alex现在是一个公众人物，她决定善加利用「骄纵的俄罗斯公主Alexandra Udinov」这个身份，在营救Michael的行动中发挥独特作用。与此同时，Birkhoff被迫与Sonya在一起共事……||第2集@@@@ Nikita、Michael和他们的团队从叛逃「组织」特工Wade（Chance Kelly）手中解救出少女Liza（Annalise Basso），但Liza已经被Wade洗脑，并被他训练成可怕的杀手，随时为满足他的个人目的而卖命。Nikita竭尽全力让Liza摆脱Wade的控制，但在一场混乱之中，Liza从「组织」总部逃走了。Wade已经指示Liza前往联合国大楼，在一个特别活动上释放致命的化学武器。现在Nikita和她的团队必须尽快找到她，否则一切就完了。与此同时，Liza遭绑架的事实触动了Alex的痛苦回忆。||第3集@@@@ Ryan告诉Nikita一名卧底特工被逮捕了，他们必须救他出狱。Nikita对此提出质疑：为什么现在的「组织」还要去执行Percy时代的任务？与此同时，Nikita、Michael和Sean试图阻止一起恐怖袭击，但是Alex在行动中中弹负伤。Birkhoff和Sonia持续发生争吵。||第4集@@@@ Amanda派遣前组织特工Anne（Sarah Allen）前往一家俄罗斯监狱解救被囚禁的Owen，但Owen设法逃离了Amanda的魔掌，并将自己已获自由的消息传递给Nikita。Nikita迅速找到Owen，Owen怎么也不敢相信Nikita已经重回「组织」。无论如何，他还是跟随Nikita返回了组织总部。Michael和Ryan都不信任Owen，但Nikita坚决维护Owen的立场。另一方面，Alex与Owen重逢后，两人的心情都很复杂。||第5集@@@@ 「组织」发现潜伏了六年的叛逃特工Markov（Jonathan Goad）竟然被选为乌兹别克斯坦总统，而且正计划杀害美国总统（Michelle Nolden）。众人要求Ryan立刻通知总统加强安全保卫，Ryan这才说出实情：这位女总统对「组织」早已深恶痛绝，要不是Ryan竭力阻止，只怕她早就下令铲除「组织」了（她不愿意让公众知道这个秘密机构的存在，更不愿意让公众知道叛逃特工的存在）。Nikita和Michael对Ryan长期隐瞒这个重要秘密颇为愤怒，现在他们只能想办法暗中保护总统的安全，同时又不惊动她。另一方面，Alex和Owen遭遇一次爆炸事故但侥幸逃生。他们怀疑这是「组织」的内鬼所为，决定联手展开调查。||第6集@@@@ 看Nikita和Michael抓住了一个名叫Cyrus（Isaiah Mustafa）的军火贩子，发现他正为Ari（Peter Outerbridge）购买一种能够干扰武器信号的装置。 Nikita劝说Ryan同意他们拿Cyrus做诱饵，将Amanda及其党羽一网打尽。Cyrus设法摆脱了Nikita等人的控制，溜回Amanda身边。Amanda出卖了Cyrus，他唯有倚仗Nikita才能活下去。与此同时，Birkhoff积极寻找Amanda安插的间谍。||第7集@@@@ Birkhoff告诉Nikita，Sonya就是Amanda安插在组织内部的间谍。Amanda不仅激活了Sonya的自毁芯片，还在组织内部安插了另一名间谍，随时监视Sonya的一举一动。Nikita、Michael和Ryan决定将计就计，利用Sonya来引诱Amanda现身。与此同时，Birkhoff设下一个陷阱，希望第二个间谍自投罗网。另一方面，Michael质问Alex为什么又开始嗑药，Alex恳求Michael不要把真相告诉Nikita。第三季后半段要比前半段更黑暗，其中最重要的一条就是：Michael会遭遇“可怕的情形”。||第8集@@@@ Nikita和Owen与叛逃的「Cleaner」Liam（Pedro Pascal）展开对攻；Michael接受了「组织」里的新职位；Michael看到Nikita和Owen在一起「亲密工作」的样子，不禁心生醋意，他和Nikita的关系变得非常紧张。||第9集@@@@ 叛逃特工Ray（Matt Bushell）绑架了自己的女友Kate（Anna Hopkins），于是Ryan派遣Nikita带领一支行动组前去施救。Michael自己没有来，而是把Owen派来了，这让Nikita颇为疑惑。与此同时，Sean做出一个与Alex有关的决定。||第10集@@@@ Nikita和Birkoff想找一个叫海德克的人帮助迈克尔的手，找到了海德克的新小白鼠科斯塔，由此追寻到了海德克。与此同时，迈克尔被升职了。尼基塔袭击的科斯塔是联合国成员，引起了麻烦，却也得知新腿的真相，人们救出了Nikita和海德克，但最后又迫于无奈杀了他。迈克尔有了一个疯狂的决定，而瑞安也变得有点不同。||第11集@@@@ 中情局特工Naomi（Amanda Schull）偶然发现了一份记录Madeline Pierce与「组织」的关系的绝密文件，立即将它呈交给中情局局长Morgan Kendrick（Brian Howe）。Kendrick不久后遭到暗杀，Amanda陷害Sean是杀人凶手，中情局立刻派人将他羁押。Nikita向心急如焚的Alex保证，他们一定能把Sean就出来。但是Nikita的计划风险极大——Sean要么获救，要么命丧当场。||第12集@@@@ Birkhoff得到Shadowbot提供的情报，称Ari（Peter Outerbridge）出现在纽约城。Nikita和Owen立刻赶往纽约，试图在FBI带走Ari之前将他接回「组织」总部。然而Ari告诉Nikita，他精心策划了这一切就是为了与Nikita见一面。Ari称Amanda已经彻底失控——她正与一个恐怖分子合作，准备对美国本土发动袭击。Ari愿意提供情报帮助Nikita抓住这个恐怖分子（Peter Marek），但是索要5000万美元的「情报费」。Ryan竟然考虑支付这笔钱，Nikita和Michael都很震惊。与此同时，Alex和Owen变得很亲密，Sean不禁醋意大发。||第13集@@@@ 为了控制黑盒子，Amanda计划绑架Ari的儿子Stefan，并利用他作为交易的筹码，仍处于「组织」保护之下的Ari不得不向Nikita求助。糟糕的是，Stefan神通广大的保镖Krieg竟然同时抓住了Nikita和Amanda，这对不共戴天的敌人为了逃生不得不违心地进行合作。Michael指派Alex作为Nikita的后援而不是Owen，这让Owen有些抓狂。||第14集@@@@ Amanda将Alex当作人质，迫使Nikita答应她的条件：用Ari来交换Alex。Michael指派Nikita和Sean执行人质交换任务，但Ryan在最后一刻将Owen也派来了，引发了Michael的不满和怀疑。被俘期间，Alex向另一名囚犯Larissa（Olga Fonda）表示了友好，发誓要带她一起逃出去。Alex的决定最终影响到Nikita的营救计划，她不得不再做一个选择：顺从Nikita的安排，还是遵守自己对Larissa的承诺？||第15集@@@@ Nikita认为「组织」应该承接一个官方任务，除掉对美国有威胁的乍得总统（他人在巴黎，安全保卫不严，正是他们动手的好机会）。Alex拒绝参与这种有悖常理的行动。Alex对Nikita十分失望——因为Nikita和Percy一样向大家隐瞒真相——于是拉Birkhoff和她一起调查Danforth的秘密。如果和政府的合作出现问题，他们可以用相关情报来作为谈判筹码。Alex和Birkhoff很快有了一个足够「炸掉」整个「组织」的惊人发现……这个「炸掉」不仅仅是象征意义！||第16集@@@@ Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱「残疾」的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……「偷」变成了「抢」！与此同时，「组织」内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。||第17集@@@@ Alex将自己渴望离开组织的想法偷偷告诉了Birkhoff。Amanda向Owen提供他自己永远找不到的东西——他过去的真实记忆。尽管Nikita尝试帮助Owen，但Owen还是被迫面对自己过去发生过的事情并做出令人意想不到的事情。||第18集@@@@ Nikita被Amanda抓住并注射了致幻药物，Amanda将她最可怕的精神刺激法（洗脑机器）用在Nikita身上，Nikita在恍惚间回忆起自己过去的经历。在这个过程中，Nikita发现了Amanda隐藏最深、最不愿意让人知道秘密。Alex带头发动叛乱的事情已经曝光，但是被接下来的暴力事件超出了Alex的控制范围，迫使她竭尽全力拯救每个人的性命。Michael被组织内的阴谋者关了起来，Birkhoff和Sean必须依靠自己的力量来营救他们心爱的女人。与此同时，Owen接受了自己的「新记忆」，在组织全面封锁的过程中做出可怕的行为。||第19集@@@@ 对Amanda「洗脑」的惧怕、对无力拯救每一个人的负罪感和对上集发生的悲剧事件的责任感让Alex彻底崩溃，她又走上了老路，并且以极其暴力的方式来发泄。「组织」里许多人要么死了，要么受伤了，要么失散了，要么心灵遭受了严重创伤，Nikita和Michael必须评估损失并竭尽全力从废墟上重建家园。但是他们的行动必须迅速——如果总统知道了这里发生的事情，或许「组织」就彻底完了。当Nikita和Michael坐下来唏嘘往事，回忆「组织」最辉煌的过去时，Birkhoff也在为自己的损失而伤感。||第20集@@@@ 听命于Amanda的一个叛变特工从组织的废墟中找到了黑盒子，将其交给了主人。不久之后，黑盒子里的部分信息遭到泄露，显然Amanda在向潜在的国际买家（以及美国总统）投石问路，希望能借此提高黑盒子的「卖价」。在没有支援团队，没有任何线索，时间又非常紧迫的情况下，剩余的组织成员必须拼尽全力来阻止Amanda的邪恶计划。幸运的是，改过自新的叛徒、军火贩子Cyrus（Isaiah Mustafa）在关键时刻出现，承诺给予他们一切帮助。有了Cyrus的帮助，Nikita、Michael和Alex策划了一个大胆的行动——他们要利用戒备森严的二十国集团竞技峰会夺回黑盒子，同时修正已经被Amanda改写的人生命运。||第21集@@@@ 救了一个人的命并把他带回一处。Madeline审问了这个人获取了Crimson Star的基地资料后杀了他。Nick，一个一处情报员登门拜访Nikita，请求她在自己母亲拜访期间假扮自己的妻子，Nikita答应了。头和Madeline怀疑Michael和Nikita的关系并没有结束，Madeline说两人已在她的监视下。在进行Crimson Star的基地探测的任务中，Madeline发现有未经允许的通讯。与此同时，Nikita因为错误密码耽搁了时间，到达了目标后她发现自己被包围了，Michael报告了情况认为Nikita一定会被当作人质，他让头取消对他的 “安全保护”以便于行动，头同意了。Nikita和Michael秘密地会面了，并编制了一套说辞。当Nikita让Birkoff重新恢复自己的线路时，Birkoff发现有加密的消息，他觉得是Walter在暗中帮助Nikita，并告诉Walter他会告发。Michael向头汇报，提出自己带小部队复查Crimson Star的营地是否真的被摧毁，头说考虑。头表扬了Birkoff的决定，Birkoff心态满复杂的，不希望Walter出事。Madeline召见Walter，认为他的行为已经严重影响到处里的未来，而且Nikita和Michael翻不出五指山，Walter答应乖乖合作。 头和Madeline对Michael和Nikita在哪里保持关系非常纳闷，因此答应Michael的建议，但暗中派遣了一个小分队跟着他们，但是出乎意料，Michael和Nikita完成了任务又发现了隐蔽队伍，显然Walter又用某种方式通知了他们。本篇前面提到Nick的母亲并没有出现，Walter原谅了Birkoff并告诉他自己手头仍旧有一些把柄。||第22集@@@@ 现在异常关心Nikita和Michael的关系，头和Madeline会面讨论这两人的约会，他们决定无论有没有铁证在下次行动中一定要把两个人分开。这一次的任务目标Genefex公司，试图和红桥组织联系。Michael和Nikita负责调查并摧毁相关实验室，这次头明确警告Walter，对Walter暗中帮助Michael和Nikita的事情非常清楚，如果再有一次，Walter就得退休。Walter反唇相讥宁愿消失。Michael似乎感觉到什么，提醒Nikita他们出发的时候，处里会动点手脚。Nikita和Michael潜入Genefex，Michael很快就找到了处里需要的东西，他通知Birkoff需要10个小时完成，并需要断电10分钟。很快，Michael在处里不知情的情况下，获得了资料，Nikita把资料传回一处，然后是碰面；另一方面，Walter回到处里考虑自杀，Birkoff允诺帮助他。当Michael忙着的时候，Nikita的任务被人篡改，她被带往Madeline处。Madeline告诉Nikita她将被略作调整，不再会留恋Michael。Michael意识到处里还派了人到Genefex，也感觉到Nikita正处于危险之中。但当他找到Nikita的时候却发现她外表很正常，Nikita告诉Michael处里推迟了摧毁实验室的任务。两人回到处里，被告知继续执行任务，Madeline相信对Nikita的“治疗”肯定有效果，而且他们计划看看Nikita是否会执行杀死Michael的任务。任务完成地很顺利，Michael是最后一个撤出的，处里命令Nikita引爆。Nikita突然对命令产生了迟疑，没能引爆。Michael来到Nikita的家，发现她非常痛苦，并试图和Michael亲热。经过数次尝试，Michael抓住Nikita的胳膊问她到底怎么了，Nikita回答“没什么，只是不再爱你了”，Michael大受打击，静默后离开，临走前告诉NikitaI won"t let them do this。
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